Berdasarkan UU/39/1999 :
Pasal 98
Anggaran Komnas HAM dibebankan kepada Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara.
Selain Dari APBN Komnas HAM juga menerima bantuan dari Donatur untuk kegiatan-kegiatan pelatihan, penerbitan buku, majalah dan lain-lain di luar mediasi, pemantauan dan penyelidikan pelanggaran HAM.