Pada awalnya, Komnas HAM didirikan dengan Keputusan Presiden Nomor 50 Tahun 1993 tentang Komisi Nasional Hak Asasi Manusia. Sejak 1999 keberadaan Komnas HAM didasarkan pada Undang-undang, yakni Undang-undang Nomor 39 Tahun 1999 yang juga menetapkan keberadaan, tujuan, fungsi, keanggotaan, asas, kelengkapan serta tugas dan wewenang Komnas HAM.

Disamping kewenangan tersebut, menurut UU No. 39 Tahun 1999, Komnas HAM juga berwenang melakukan penyelidikan terhadap pelanggaran hak asasi manusia yang berat dengan dikeluarkannya UU No. 26 Tahun 2000 tantang Pengadilan Hak Asasi Manusia. Berdasarkan Undang-undang No. 26/2000 tentang Pengadilan Hak Asasi Manusia, Komnas HAM adalah lembaga yang berwenang menyelidiki pelanggaran hak asasi manusia yang berat. Dalam melakukan penyelidikan ini Komnas HAM dapat membentuk tim ad hoc yang terdiri atas Komisi Hak Asasi Manusia dan unsur masyarakat.

Komnas HAM berdasarkan Undang-Undang Nomor 40 Tahun 2008 tentang Penghapusan Diskriminasi Ras dan Etnis, mendapatkan tambahan kewenangan berupa Pengawasan. Dimana Pengawasan adalah serangkaian tindakan yang dilakukan oleh Komnas HAM dengan maksud untuk mengevaluasi kebijakan pemerintah baik pusat maupun daerah yang dilakukan secara berkala atau insidentil dengan cara memantau, mencari fakta, menilai guna mencari dan menemukan ada tidaknya diskriminasi ras dan etnis yang ditindaklanjuti dengan rekomendasi.

Instumen Acuan

Dalam melaksanakan fungsi, tugas, dan wewenang guna mencapai tujuannya Komnas HAM menggunakan sebagai acuan intrumen-instrumen yang berkaitan dengan HAM, baik nasional maupun internasional.

Instrumen Nasional :

1. UUD 1945 beserta amandemenya;
2. Tap MPR No. XVII/MPR/1998;
3. UU No. 39 Tahun 1999;
4. UU No. 26 Tahun 2000;
5. UU No. 40 Tahun 2008;
6. Peraturan perundang-undangan nasional lainnya yang terkait.

Instrumen Internasional :

1. Piagam PBB, 1945;
2. Deklarasi Universal HAM 1948;
3. Instrumen internasioanl lain mengenai HAM yang telah disahkan dan diterima oleh Indonesia.